斯德哥尔摩大学有4个学院：自然科学院，人文学院，社会科学院和法学院，另外斯德哥尔摩大学还开设几门国际硕士课程，有教育学，法律，瑞典社会研究和工商管理。还设有波罗的海问题、日本问题、大众传播工具、国际移民和种族关系、亚太地区、儿童文化6个研究中心，以及社会问题、拉美问题、国际形势、国际教育、海洋生态学5个研究所。本科设第一级学位，学制3～4年；研究生阶段设博士学位，要求取得第一级学位后再研读4年。还设有1～2年半的短期课程。经费均由国家提供，免收学费。教学用语为瑞典语。

数理部分：冶金学、理论物理、数学、航天物理、应用数学、物理系统、航天科学、微粒子物理等。

生物部分：植物学、动物学、微生物学、生态学、放射生物学、自然资源管理、动物生理学、海洋生态、细胞科学、神经科学和神经毒理学、分子生物、基因、遗传学、免疫学。

化学部分：生物化学、无机和有机化学、化学分析、分析化学、结构化学、物理化学、金属化学、应用化学等。

大地科学部分：地质学、地理学、矿物学、石油储藏、地质化学、测量、遥感等。

社会科学部分：经济历史、社会工作、环境心理学，污染与环境、经济和务工、公共事业管理、公共行政 事务、社会学、统计学、社会人类学、社会发展研究、教育学、信息加工、国际经济、政治科学、商业管理、人口学、人类的地理分布、社会心理学、国际关系、巴尔干研究、社会政策等。

语言部分：斯拉夫语言及文学（国别）、普通语言学、阿拉伯语言及历史、罗马语言、法语、印度支那语言、演讲学、英语、汉语及中国文化、韩语及文化、瑞典语。

法律部分：民法、市场法、消费者保护法、公共法律、法律程序、金融和经济法、刑法、法律历史、犯罪学、罪犯改造、国际法、劳工法、保险法、法学理论等。

历史哲学部分：考古学、斯堪的那维亚语言和文化、比较艺术史、古代文化和文明、实践哲学、文学历史、儿童文学、宗教历史、戏剧及其历史、艺术理论、新闻学、文学、理论哲学、思想历史、城市历史等。

研究中心：除了学院之外，大学还有分院和一些中心，如：巴尔干研究中心、儿童文学研究中心、妇女研究中心、双语言研究中心、自然资源和环境研究中心、亚太研究中心、英语学生分院、国际经济研究分院、社会研究分院、海洋研究分院等。