波恩大学并非校园式大学，而是各个建筑分布于整个城市内。大学主楼即前科隆选帝侯宫殿位于市中心，该地区分布着一些现代建筑如法学院，神学院和哲学院等。

自然学科主要集中在泊波尔多夫区，以泊波尔多夫宫殿和其他一些19世纪建筑，以及一些新建的现代建筑作为办公楼。泊波尔多夫宫殿花园自1819年作为植物园而存在。计算机学科分布在两个位置：老的供给中心和国家机关楼（前警察总部等）。心理学位于城北的LVR医院。医药学位于维努斯贝格。个别机构和设施分布在其他城区，如天文学，化学和部分医药学等。

波恩大学四个校区在波恩市分布如下：

Campus City (Hauptgebude, Juridicum)

市中心校区（主楼，法学院）

Campus Poppelsdorf

泊波尔多夫校区

Campus Endenich

安德尼希校区

Bonn-Venusberg (Universit?tsklinikum)

维努斯贝格校区（大学医学部）

总体而言大学拥有371幢建筑，2座宫殿和58座图书馆。除了教学和行政自用还包括由学生服务中心负责的4个食堂和34栋学生宿舍约4200间房间。