瓦萨学院成立于1861年，以建立者纽约酿酒商马修·瓦萨命名。成立之初是一所女子学院，最早的校名是“Vassar Female College（瓦萨女子学院）”，但这一校名很快就遭到创始者马修·瓦萨否定，因为马修希望有一天瓦萨学院能够成为男女合校的学院。第一位瓦萨学院的教职员是天文学家Maria Mitchell。建立之初，学校与北美新教徒建制派的社会精英有很强的联系。宾夕法尼亚大学教授E. Digby Baltzell曾经写道，“上层社会的WASP（白人盎格鲁-撒克逊的新教徒）家庭把他们的孩子送去诸如哈佛，普林斯顿，瓦萨，或者耶鲁之类的学校。”在成为美国总统之前，富兰克林·罗斯福也曾经是瓦萨学院的理事之一。尽管学校在1969年才正式成为男女合校，但在第二次世界大战之前就有小部分男性学生。由于瓦萨学院原则上不允许男性学生入学，因此当时大多数男性瓦萨学生最后通过纽约州立大学系统毕业。由于瓦萨学院在男女合校之前是七姐妹学院中的一员，且当时常春藤大学均为男校，因此瓦萨学院与耶鲁大学一直保持着姐妹学校的关系。当哈佛大学决定和七姐妹之一的Redcliffe College合并之后，瓦萨学院决定拒绝与姐妹学校耶鲁大学合并，学校才正式成为男女合校，开始招收男性学生。学校已获得中国教育部认证。