西北大学由一个私人指定的理事会拥有和管理。理事会有70名成员，其主席是帕特·瑞安，把它的管理权授予一名选出的校长作为大学的最高执行官。在其历史上西北大学共有过15名校长。现校长为亨利·彼安，从1995年1月开始任职，他已经宣布将于2009年8月31日辞职，莫顿.夏皮罗(Morton O. Schapiro)将从2009年9月1日出任校长。校长手下有21名副校长、主任和其他管理、经济、系和学生事务的助手。现任教务长Daniel I. Linzer是2007年9月上任的，他是校长手下的大学首席学术官员。各学院院长、跨学术单位领导人和17个系的委员会全部向他负责和报告。

大学的参议会由所有全职教授组成，就教育政策做建议，提议名誉学位候选人，此外还可以设立特殊委员会，如由22名成员组成的全系委员会作为系与管理组织之间的联系。助理学生政府和研究生协会也是类似选举出来的，他们代表本科生和研究生与大学管理机构联系。

西北大学由11个学校和学院组成。每个学校的系由大学校长、教务长、学院院长和教务系组成。系的任务在于教学、研究、对学生提供顾问以及参加委员会工作。每个学校系的有投票权成员（助理教授以上）决定管理需要、学位需要、课程、纪律和学位推荐。

2007年西北大学的捐赠提高11.4%，达72.43亿美元，使它成为美国捐赠第八高的大学。从1997年至2007年捐赠平均增长率为13.4%。此外从2006年至2007年大学还获得了1.879亿美元的礼物和其它支援支持。2007年大学把它的止痛片普瑞巴林专利（由西北大学教授理查德·布鲁斯·西尔维曼发明）以七亿美元的高价出售，这是历史上售价最高的专利。大学获得的捐赠被用来提供经济资助、研究和建筑。